Em um deserto remoto no Planeta Zi, um garoto chamado Van descobre uma instalação abandonada e dilapidada. Dentro dela, ele encontra um casulo opaco que se rompe por si só, e um robô semelhante a um dinossauro conhecido como ""Organoid"" emerge da casca. Van nomeia a criatura de Zeke e a reivindica para si, mas um grupo de bandidos vem atrás dele para apoderar-se do Organoid. Os bandidos estão equipados com ""Zoids"", unidades mecânicas semelhantes a animais usadas para o combate. Van é capaz de se defender de seus perseguidores, revivendo e fundindo-se com um velho Zoid chamado ""Shield Liger.""

Van retorna à instalação com Zeke e encontra um novo casulo. Ele fica extasiado com a possibilidade de ter obtenido outro Organoid, mas quando o casulo se rompe, em vez disso, uma garota emerge dele. Ignorando suas origens, a garota só se lembra de que seu nome é Fiona e que ela precisa localizar um objeto chamado ""Zoid Eve"". Determinada a solucionar o mistério por trás de sua existência, Fiona se aventura ao lado de Van e Zeke para descobrir o que é o Zoid Eve de verdade. O trio encontra muitos amigos e inimigos em sua aventura, enfrentando vários perigos e experimentando momentos de descontração ao viajar.