Pintada de vermelho, a palavra ""VON"" é tudo o que resta após um ataque terrorista a uma instalação nuclear no Japão. O governo está despedaçado pela incapacidade de agir, e a polícia está desesperadamente procurando maneiras de capturar os responsáveis. O público está sem pistas até que, seis meses depois, um estranho vídeo aparece na internet. Nele, dois adolescentes que se identificam apenas como ""Sphinx"" desafiam diretamente a polícia, ameaçando causar destruição e caos em Tóquio. Incapazes de deter a massa de pânico que se espalha pela cidade rapidamente e desesperados por quaisquer pistas em sua investigação, a polícia luta para agir efetivamente contra esses terroristas, com o detetive Kenjirou Shibazaki preso no meio de tudo isso.

Zankyou no Terror conta a história de Nine e Twelve, os dois meninos por trás das figuras mascaradas de Sphinx. Eles não deveriam existir, mas permanecem fortes em um mundo de decepção e segredos enquanto fazem a cidade cair ao seu redor, tudo na esperança de enterrar sua própria verdade trágica.