Após a vitória da Guarda Galáctica Corajosa sobre o Império Zonder e os 31 Primitivos, uma nova ameaça faz sua aparição na Terra. A GGG - com Guy Shishio e o recém-construído GaoFighGar - se une à sua contraparte francesa Chasseur para combater a organização maligna BioNet. Entre as fileiras de Chasseur está Renais Cardiff Shishioh - um antigo ciborgue da BioNet com a implacável busca por destruir aqueles que tiraram sua humanidade. Mas enquanto a GGG e Chasseur lutam contra a BioNet, as bases da GGG ao redor do mundo são subitamente atacadas, e as recentemente descobertas ""Q-Parts"" e as Máquinas Gao originais são roubadas por Mamoru Amami, que foi sequestrado e clonado por uma ameaça ainda maior conhecida como os ""Onze Reis de Sol"". Expulsa da Terra pelas Nações Unidas, a GGG agora deve viajar para os confins da galáxia para lutar contra os Onze Reis de Sol e salvar Mamoru antes que seja tarde demais.