Kimihiro Watanuki pode ver espíritos e outras criaturas sobrenaturais, o que é uma habilidade bastante incômoda que ele detesta fortemente. A caminho de casa um dia, enquanto sofria com os espíritos, ele é inexplicavelmente compelido a entrar em uma casa estranha. Lá, ele encontra Yuuko, uma mulher misteriosa que afirma ser capaz de livrá-lo da habilidade de ver e atrair as criaturas problemáticas - por um preço. Ela exige que ele trabalhe em sua ""loja"" que concede desejos às pessoas, e assim começa as aventuras de Watanuki por eventos estranhos e maravilhosos.