Estamos no ano 2977 e a humanidade se tornou estagnada. Robôs fazem todo o trabalho, as massas são mantidas tranquilas por mensagens subliminares, e os oficiais do governo são preguiçosos, preocupados apenas com atividades recreativas como golfe e corrida de cavalos. O Capitão Herlock desafia essa mentalidade insípida, liderando um grupo de rebeldes de mentalidade semelhante para uma vida mais aventureira a bordo da espaçonave Arcadia.

Uma força misteriosa conhecida como Mazone invadiu a Terra, tomando a forma de mulheres com capuz misteriosas que matam qualquer um que suspeite de suas ações nefastas, como Tadashi Daiba, que agora está na lista de alvos deles. Depois que seu pai cientista é ignorado pelo governo e morto pelo Mazone, ele se junta ao Capitão Herlock e seu grupo heterogêneo de piratas para ajudá-los enquanto tentam salvar a humanidade da iminente ameaça alienígena.