A magia Onmyoudou foi uma vez uma técnica poderosa usada pelos japoneses durante a Segunda Guerra Mundial, a fim de ganhar vantagem e estabelecer sua nação como uma força formidável. Mas o Japão foi rapidamente derrotado depois que o reverenciado onmyouji Yakou Tsuchimikado causou o ""Grande Desastre Espiritual"", um evento que assola Tóquio até hoje. Como resultado desse acidente, a Agência Onmyou foi estabelecida para exorcizar futuros desastres espirituais e combater os demônios que entram no mundo.

Agora, Onmyoudou se tornou muito mais moderno, simplificado e refinado para uso em uma ampla variedade de aplicações, como medicina e tecnologia. No entanto, nem todos são capazes de utilizar a magia, como é o caso de Harutora, um membro da família Tsuchimikado. Apesar de uma antiga promessa de proteger Natsume, herdeira da família principal Tsuchimikado e suposta reencarnação de Yakou, como seu familiar, Harutora não tem talento e escolhe viver uma vida normal. Mas quando um membro proeminente da Agência Onmyou tenta recriar o mesmo experimento que levou à queda do Japão, ele decide cumprir sua palavra e lutar ao lado de Natsume.