Magano, um reino paralelo cheio de monstros conhecidos como ""Kegare"", é um lugar onde os exorcistas lidam com todas as impurezas. Benio Adashino é uma exorcista prodígio que é reconhecida por sua força e é convocada para Tóquio pela União de Exorcistas. Em seu caminho, ela cai nos braços de Rokuro Enmadou, um jovem exorcista com um passado complicado.

Mas as impurezas de Magano não descansam. Quando esses dois exorcistas testemunham um casal de crianças roubadas por um Kegare, Benio corre para salvá-las, arrastando Rokuro com ela para Magano. Envolvida em uma luta em que está prestes a ser derrotada, Benio é salva por Rokuro, revelando-se capaz de ser seu rival em talento.

Sousei no Onmyouji conta a história de dois exorcistas talentosos destinados a se tornarem os ""Exorcistas Gêmeos Estrelas"" e os pais profetizados da Miko – a reencarnação de Abe no Seimei – que limpará o mundo de todas as impurezas.