Amu Hinamori e os Guardiões da Escola Seiyo continuam sua busca para encontrar e purificar X Eggs enquanto perseguem o Elusivo Embrião, um ovo que dizem poder realizar qualquer desejo. No entanto, os Guardiões devem garantir que o Embrião não caia nas mãos da maléfica Easter Corporation. Como parte do plano para atrair o Embrião, a Easter contrata Lulu de Morcerf, uma garota distante cujo colar de rubi lhe concede a habilidade de converter Heart Eggs em Mystery Eggs.

Esses estranhos Mystery Eggs não podem ser purificados com facilidade como os X Eggs, e podem forçar seu dono a passar por uma Transformação de Caráter. Com essa ameaça crescente, os Guardiões devem rastrear sua fonte e detê-los antes que o assunto saia do controle. Enfrentando pressão insuperável desses dois novos objetivos, os Guardiões serão capazes de recuperar o Embrião enquanto lidam com os Mystery Eggs?