Na cidade de Kamisu 66, a menina Saki Watanabe, de 12 anos, acabou de descobrir seus poderes psíquicos e está aliviada em se reunir com seus amigos - o travesso Satoru Asahina, o tímido Mamoru Itou, a alegre Maria Akizuki e Shun Aonuma, um garoto misterioso pelo qual Saki admira - na Academia Sage, uma escola especial para psíquicos. No entanto, um sentimento de incerteza paira sobre Saki quando ela começa a questionar o destino daqueles que não conseguem despertar seus poderes, e as crianças começam a se envolver em assuntos secretos, como os rumores sobre Gatos Contaminados que sequestram crianças.

Shinsekai yori conta a história única de amadurecimento de Saki e seus amigos enquanto eles crescem em seus papéis na suposta utopia. Aceitar esses papéis, no entanto, pode não ser fácil quando confrontados com as verdades sombrias e chocantes da sociedade, e o caos iminente gerado pelo mundo novo.