Hayato Hayasugi, cujo sobrenome é um trocadilho com as palavras ""muito rápido"", e outras crianças serão condutores para pilotar o Shinkalion. Os robôs Shinkalion são vários modelos de trens-bala japoneses (shinkansen) da vida real que se transformam em robôs para lutar contra um mal desconhecido para proteger a segurança e a paz do Japão.

As crianças devem trabalhar em conjunto com os adultos do Instituto de Ultraevolução de Shinkansen (SUEI) para derrotar um monstro que se parece com um trem-bala preto como a noite