Shiki Toono acorda em uma enfermaria do hospital com a habilidade de ver linhas invisíveis. Esses fios finos, que compõem toda a matéria em Shingetsutan, destroem instantaneamente um objeto quando são cortados. Shiki descobre que, se traça as linhas de algo, sua destruição logo segue. Mantendo sua visão sobrenatural em segredo, Shiki prossegue viver sua vida de segundo ano em paz. No entanto, essa paz é de curta duração quando Shiki encontra uma mulher misteriosa de olhos vermelhos brilhantes a caminho da escola. Seguindo um surto psicótico repentino, ele parece matar a mulher e desmaia logo depois. Como se as coisas não pudessem piorar, Shiki é atacado por um par de cães demoníacos no dia seguinte - enfrentando uma morte certa, Shiki é salvo pela chegada oportuna da mesma mulher de ontem. Ela se apresenta como Arcueid Brunestud, uma princesa vampira. Decidindo se unir, Shiki e Arcueid embarcam em uma jornada para descobrir a verdade por trás de sua linhagem e da recente sequência de assassinatos na cidade.