A humanidade finalmente se depara com a ameaça dos Custódios - a antiga espécie consciente responsável por amaldiçoar a humanidade a falar diferentes línguas há milhares de anos. As portadoras de Symphogear - Hibiki Tachibana, Tsubasa Kazanari, Chris Yukine, Maria Cadenzavna Eve, Kirika Akatsuki e Shirabe Tsukuyomi - são enviadas para a Antártica para recuperar uma relíquia antiga. Depois de garantir a relíquia e resgatar a equipe científica presente lá de um Coffin, o mecanismo de defesa automatizado que a protege, a relíquia é entregue a pesquisadores americanos de acordo com acordos internacionais.

A organização criminosa Noble Red, um remanescente da anteriormente combatida Bavarian Illuminati, começa a mirar na relíquia. As portadoras de Symphogear e sua organização de apoio S.O.N.G. conseguirão frustrar os planos das organizações conspiradoras contra elas?