Seguindo os eventos de Senki Zesshou Symphogear G, Hibiki Tachibana, Tsubasa Kazanari e Chris Yukine continuam operando sob o comando de Genjuurou Kazanari. Enquanto isso, Maria Cadenzavna Eve, Kirika Akatsuki e Shirabe Tsukuyomi são colocadas em custódia protetora. Com a paz restaurada, todos retornam às suas vidas diárias; no entanto, a aparição da alquimista Carol Malus Dienheim e seus subordinados - os ""Autoscorers"" - ameaça trazer todos de volta a um conflito.

Armada com um estranho e mágico poder, Carol deseja iniciar o apocalipse e trazer destruição ao mundo... e está disposta a sacrificar tudo para fazê-lo. Contra esse novo e misterioso inimigo, os seis portadores de Symphogear devem se levantar para proteger o que é importante para eles. No entanto, Carol e seus Autoscorers provarão ser demais para lidar nesta luta para proteger o destino do mundo?