Quando Shoutarou Tatewaki conheceu Sakurako Kujou pela primeira vez, ele sabia que sua vida nunca mais seria a mesma. Inicialmente acreditando que ela era responsável pelo desaparecimento na vizinhança, ele descobre mais tarde seu verdadeiro talento: analisar amostras de ossos. Sakurako tem uma coleção considerável de ossos de animais reconstruídos, mas ela deseja ter mais exemplares humanos, muito para o desgosto daqueles ao seu redor.

Em breve, Shoutarou começa a acompanhar a excêntrica osteologista em muitos casos diferentes e não solucionados que ela encontra - geralmente na forma de corpos em decomposição. Mas, com tantos incidentes acontecendo ao seu redor, poderia haver um mistério maior em jogo em suas vidas?

Sakurako-san no Ashimoto ni wa Shitai ga Umatteiru é uma história de dois parceiros improváveis, cada um mostrando à sua maneira que os ossos podem dizer como alguém morreu, mas apenas as pessoas podem dizer como eles viveram.