Com todos os Cartões Clow recuperados e transformados em seus próprios Cartões Sakura, Sakura Kinomoto agora começa seu primeiro ano na Escola Secundária de Tomoeda. Após seu primeiro dia de aula, Sakura reencontra seu amor Shaoran Li, que a informa que ele está se mudando permanentemente de volta para Tomoeda. Para sua surpresa, descobre-se que Shaoran também frequentará a mesma escola e parece que a vida de Sakura está caminhando para todas as direções certas.

No entanto, quando Sakura vai dormir, ela encontra em seu sonho uma figura coberta de mistério e se vê cercada por cartas transparentes. Acordando com medo, Sakura fica chocada ao ver que seu sonho se tornou realidade, com os Cartões Sakura terem se tornado transparentes. Encontros oníricos contínuos com o inimigo desconhecido e sua obtenção de uma nova chave mágica prepara o palco para a última aventura de Cardcaptor Sakura!