A Ilha Nanae é uma ilha artificial no Oceano Pacífico que possui tudo o que é necessário para a educação e treinamento adequados de crianças. Foi criada pelos Grandes Sete, um grupo de aventureiros liderados por Nanana Ryuugajou, como um lugar para os jovens perseguirem seus sonhos.

Depois de ser deserdado e exilado por sua família, o estudante do ensino médio Juugo Yama chega a esta ilha, feliz por finalmente estar livre de seu pai. Ao se mudar para seu novo quarto, ele descobre o fantasma de Nanana Ryuugajou, ligado à ilha após seu assassinato não resolvido há 10 anos. Nanana diz a Juugo que, pouco antes de sua morte, ela escondeu itens com poderes únicos e misteriosos por toda a ilha - itens conhecidos como a Coleção Nanana. Esperando descobrir pistas que o ajudarão a encontrar o culpado por sua morte, Juugo, com a ajuda do autoproclamado ""Mestre Detetive"" Tensai Ikkyuu e sua empregada que se veste de homem, Daruku Hoshino, parte em sua busca.