Após escapar de um sequestro de ônibus com a ajuda do super-herói mascarado Strange Juice, Yuuta Iridatsu encontra sua alma separada de seu corpo e sob os cuidados de um espírito de gato perverso, Chiranosuke. Como espírito, Yuuta vagueia por sua residência, a Casa Korai, visando recuperar seu corpo e observar os outros residentes: Meika Daihatsu, uma inventora genial; Mikatan Narugino, uma idol alegre; Ito Hikiotani, um NEET recluso; e Rabura Chichibu, uma médium espiritual. Após pegar um vislumbre da roupa íntima de Narugino, Chiranosuke revela a Yuuta que ele se torna exponencialmente mais forte ao ver calcinhas. No entanto, se ele ver outro par enquanto ainda é um espírito, seu poder causará um asteroide a colidir com a Terra, acabando com o mundo e matando seus amigos.

Punch Line segue Yuuta enquanto ele desvenda os mistérios em torno da Casa Korai, seus residentes e uma organização vil tentando acabar com o mundo. Será que Yuuta conseguirá salvar todo mundo ou será que a ameaça constante de calcinhas resultará em sua condenação?