Silencioso, apático e ainda assim travesso, Rokujou Miharu, de 14 anos, é o portador do hijutsu ""Shinrabanshou"", uma técnica poderosa que muitos clãs ninja desejam possuir para se tornar o governante de Nabari. O colega de classe Kouichi e seu professor de inglês Kumohira são ninjas secretos do clã Banten e se comprometem a proteger Miharu de seus diversos atacantes. Mantendo-se apático, Miharu tenta recusar o convite deles para se juntar ao seu ""clube"" ninja. No entanto, após inúmeros ataques, ele não encontra escolha a não ser se juntar ao grupo como meio de sobrevivência. Lentamente, Miharu dá um passo em direção a se tornar o governante de Nabari.