Conan foi o único filho nascido na Ilha Remanescente, um lugar povoado por um grupo de refugiados enquanto fugiam de uma onda aterrorizante de bombas magnéticas que eliminou a maior parte da humanidade. Depois de 20 anos, a maioria dos náufragos morreu, salvo Conan e o sábio velho que o criou.

Acreditando que a Ilha Remanescente era o último lugar habitado na Terra, Conan fica chocado ao descobrir uma jovem chamada Lana lavada na praia um dia. Embora ele esteja emocionado em saber que a humanidade sobreviveu, Lana conta a ele que a nação de Industria a quer como refém para forçar seu avô, o Dr. Lao, a energizar suas máquinas. Sua conversa é interrompida quando o principal piloto da Industria, Monsley, aparece de repente e captura Lana. Determinado a salvar sua amiga, Conan parte imediatamente da Ilha Remanescente e inicia uma jornada que determinará o destino do mundo.