No alvorecer do século XXI, a magia, há muito considerada como folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como uma habilidade técnica. Na Primeira Escola de Magia, instituição para magos, os estudantes são separados em dois grupos com base nas notas do exame de admissão: ""Flor de Cerejeira"", aqueles que recebem notas altas, são designados para o Primeiro Curso, enquanto os ""Ervas Daninhas"" são estudantes reservas alocados para o Segundo Curso.

Mahouka Koukou no Rettousei segue os irmãos Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados na Primeira Escola de Magia. Ao fazerem o exame, a prodigiosa Miyuki é colocada no Primeiro Curso, enquanto Tatsuya é relegado para o Segundo Curso. Embora suas notas no teste prático e seu status como ""Erva Daninha"" mostrem que ele é inepto em magia, ele possui um conhecimento técnico extraordinário, habilidades de combate físico e técnicas de magia únicas - tornando Tatsuya o irregular em uma escola de magia.