Oito anos após a misteriosa morte de seu pai, Kaito Kuroba, um adolescente ligeiramente travesso mas caso contrário comum, descobre um segredo chocante: o Ladrão Fantasma Kaito Kid - também conhecido como ""O Mágico à Luz do Luar"" - era nada menos que seu próprio pai. O antigo ladrão foi assassinado por uma organização criminosa em busca de uma pedra mítica chamada Pedra de Pandora, que supostamente derrama uma lágrima com a passagem do Cometa do Vale que vem a cada dez mil anos. Quando a lágrima é consumida, a pedra supostamente concede imortalidade.

Jurando trazer os responsáveis pela morte de seu pai à justiça, Kaito veste a fantasia do Ladrão Fantasma, roubando joias inestimáveis noite após noite para encontrar a Pedra de Pandora antes que seus inimigos possam usar o poder para si mesmos.