A Escola Otonokizaka foi salva! Apesar de terem que desistir do Love Live!, os esforços das μ's conseguiram gerar interesse suficiente na escola para evitar seu fechamento. Além disso, após a conclusão do primeiro evento, um segundo Love Live! é anunciado, desta vez em um palco ainda maior do que antes. Dada a chance de redenção, as nove garotas se reúnem mais uma vez para cantar do fundo do coração e conquistar a vitória.

No entanto, o final do ano escolar se aproxima e a graduação das garotas do terceiro ano está próxima. Enquanto tentam chegar ao topo do Love Live!, elas também devem considerar seu futuro e escolher qual caminho o grupo seguirá. Embora a questão de continuar sem as garotas do terceiro ano ou desfazer o grupo pese na mente dos membros, as μ's devem rapidamente chegar a uma resposta com a graduação se aproximando.

A segunda temporada de Love Live! School Idol Project continua a história das garotas enquanto riem, choram, cantam e dançam em sua jornada para determinar o futuro do grupo e conquistar o Love Live! em sua última chance de vencer com todas as nove garotas juntas.