No ano da Era Cósmica 0071, a colônia espacial Heliópolis permanece neutra na grande guerra que assola a galáxia entre os Coordenadores, seres humanos cujas características biológicas foram alteradas antes do nascimento, e os Naturais, pessoas não modificadas que permanecem no planeta Terra. O ódio profundo dos Naturais pelos Coordenadores levou esses seres avançados ao espaço, buscando abrigo em colônias feitas pelo homem. Kira Yamato é um estudante universitário e um Coordenador em Heliópolis, quando sua vida é jogada no caos quando ZAFT, a organização militar composta por Coordenadores rebeldes, ataca a colônia numa tentativa de roubar um conjunto de cinco mobile suits militares de última geração conhecidos como Gundams. Embora ZAFT consiga fugir com quatro dos mobile suits, Kira assume o controle do Gundam final, o Strike. Sobrevivendo à batalha, Kira e seus amigos da faculdade se juntam à equipe do Archangel, um navio administrado pela Aliança da Terra, e os jovens soldados experimentam os horrores da guerra e a perda que vem com ela.