Inazuma Eleven Go: Chrono Stone acontece depois do Torneio de Futebol da Holy Road. O herói do momento, Tenma Matsukaze, viajou por todo Japão para ensinar futebol para as crianças.

Ele retorna à Escola Raimon Junior High depois de completar sua missão, mas para sua surpresa, não é mais a mesma Escola Raimon Junior High que ele se lembra. O clube de futebol não existe mais e os membros do time campeão no Torneio de Futebol da Holy Road não se lembram de terem participado do torneio. Eles não se lembram nem de Tenma nem do esporte que amavam. Enquanto Tenma fica perplexo com essa reviravolta, Alpha, líder dos Route Agents e capitão da equipe Protocol Omega, aparece subitamente diante dele. Alpha declara que ele e sua equipe são responsáveis por apagar a paixão pelo futebol em Raimon, junto com as memórias dos membros do clube de futebol; e Tenma é o próximo.

É então que um estranho garoto chamado Fei Rune aparece a tempo de salvá-lo. Quem é Fei e por que Alpha quer eliminar o futebol para sempre? Tenma sabe que deve fazer tudo em seu poder para emergir vitorioso. É uma batalha que poderia selar o destino do futebol para sempre.