O Sistema Mizuhanome é um desenvolvimento altamente avançado que permite às pessoas entrar em um dos lugares mais intrigantes em existência - a mente humana. Através do uso das chamadas ""partículas da cognição"" deixadas pelo perpetrador numa cena de crime, detetives da equipe policial especializada Kura podem manifestar a mente inconsciente de um criminoso como um fluxo bizarro de pensamentos em um mundo virtual. Sua tarefa é explorar esse plano psicológico, chamado de ""poço do id"", para revelar a identidade do culpado.

Nem qualquer um pode entrar nos poços de id; o pré-requisito é que você deve ter matado alguém. Esse é o caso do ex-detetive Akihito Narihisago, conhecido como ""Sakaido"" dentro dos poços de id. Antes um respeitado membro da polícia, a tragédia aconteceu e ele se encontrou do outro lado da lei.

Contudo, Narihisago continua a auxiliar Kura em confinamento. Enquanto suas habilidades prodigiosas de detetive ainda se provam úteis nas investigações, Narihisago descobre que nem tudo é o que parece, pois por trás da aparente série independente de casos de assassinato, esconde-se uma verdade muito mais sinistra.