É difícil conquistar o mundo e o enigmático Il Palazzo, chefe da organização ACROSS, sabe disso, por isso ele pretende começar devagar conquistando a cidade de Fukuoka. Dois jovens oficiais, Excel e seu parceiro Hyatt, são encarregados de executar este plano, mas em seu caminho há os trabalhadores de segurança da cidade, um grupo formado por três caras (em sua maioria) normais, uma garota muito severa e alguns robôs. Independentemente da simplicidade, Excel e Hyatt sempre conseguem estragar suas missões, que geralmente resultam em mortes e muita destruição.

Heppoko Jikken Animation Excel♥Saga narra os problemas elaborados que os oficiais da ACROSS se envolvem, uma vez que Excel e Hyatt nunca falham em fazer seus trabalhos de forma inadequada.