Um dia, um enorme OVNI gira sobre o Japão e cai em uma zona rural próxima a Nagaoka, perturbando a vida ordinária de Tsubasa Misudachi. Enquanto os Gatchaman, os lendários defensores da cidade de Tachikawa, supervisionam o ocorrido, uma pacífica criatura alienígena emerge da nave. Em meio ao caos, Tsubasa é presenteada com um caderno de alta tecnologia especial, ou NOTE, pelo fundador dos Gatchaman, J.J. Robinson, sinalizando que Tsubasa foi recrutado de repente para o grupo. Sob a tutela da companheira heroína Hajime Ichinose, Tsubasa começa lentamente a se ajustar à vida como um defensor da justiça. Enquanto isso, a tecnologia CROWDS, que permite que os usuários manifestem suas consciências em uma forma física, está se espalhando pelo público e sendo endossada pelo Primeiro Ministro Sugayama. Entretanto, uma organização misteriosa conhecida como VAPE ganhou notoriedade ao usar CROWDS vermelhos únicos para causar estragos, mudando a opinião pública contra a tecnologia CROWDS. Os Gatchaman, junto com o novo membro Tsubasa, devem acabar com suas atividades destrutivas antes que seja tarde demais.