Manabi Straight! segue as vidas de um grupo de jovens estudantes do ensino médio que vivem no ano de 2035 enquanto frequentam a escola particular feminina Seioh. Como a taxa de natalidade caiu drasticamente, escolas estão sendo fechadas devido à falta de estudantes disponíveis para ensinar. O moral nas escolas caiu drasticamente, e o Seioh não é exceção.

A história começa quando a personagem principal, Manami Amamiya, se transfere para o Seioh. Após algumas brincadeiras iniciais envolvendo uma scooter futurística e um encontro de natação, seguidos por uma inspiradora apresentação de uma canção escolar, ela é nomeada presidente do conselho estudantil. A história que segue mostra Manami trabalhando com Mika Inamori, a única outra membra do conselho escolar, e três outras colegas de classe chamadas Mutsuki Uehara, Mei Etoh e Momoha Odori, em assuntos do conselho estudantil. Após remodelar a sala do conselho estudantil, Manami e suas amigas começam a planejar o próximo festival estudantil.