Depois de superarem vários eventos tumultuosos, o sargento mercenário Sousuke Sagara da Mithril e a garota escolar ""Sussurrada"" Kaname Chidori retornam às suas vidas normais no ensino médio. Sousuke continua seus esforços para se assimilar à população civil e gerenciar sua missão ao mesmo tempo, enquanto Kaname tenta apoiar seus esforços (embora suas palhaçadas muitas vezes a irritem).

No entanto, à medida que suas vidas se acalmam, novos problemas começam a surgir. A aparição de uma organização terrorista independente conhecida como Amalgam e conflitos internos dentro da Mithril ameaçam transformar a unidade em uma série de fracassos e traições. E novos e poderosos modelos de Arm Slave só pioram a situação quando a paz mundial está em jogo.

Enquanto Kaname e Sousuke enfrentam suas próprias batalhas internas em meio a lutas com risco de vida, eles serão capazes de tomar as decisões certas e mudar seu futuro?