Mithril, uma instituição militar secreta que usa tecnologia de ponta para combater operações terroristas, designa uma equipe especializada para uma missão delicada. Sob o comando da oficial superior Melissa Mao, os sargentos Sousuke Sagara e Kurz Weber devem proteger secretamente Kaname Chidori - uma adolescente que unconsciously detém conhecimento científico inovador e é considerada uma ""Whispered"" - de agências de inteligência e outras organizações que buscam suas habilidades.

Enquanto Kurz e Melissa o ajudam remotamente, Sousuke se matricula na escola de Kaname como um de seus colegas de classe para monitorá-la de perto. No entanto, sua educação militarista e habilidades sociais precárias levam a uma difícil adaptação à vida civil. Não apenas ele atrai atenção desnecessária, mas suas ações frequentemente fazem com que Kaname desconfie dele.

Apesar das tentativas sinceras de cumprir seu dever, um emboscada terrorista complica ainda mais a tarefa de Sousuke. Reconhecendo o cérebro por trás do ataque, Sousuke abandona suas ordens para garantir a segurança de Kaname.