("Mesmo com um ano desde a criação do Clube de Natação da Escola Secundária Iwatobi, novos membros ainda não se juntaram ao clube. Agora que Haruka Nanase e Makoto Tachibana são estudantes seniores, juntamente com seus amigos mais jovens Nagisa Hazuki e Rei Ryuugazaki, eles precisam encontrar uma maneira de atrair novos membros. Caso contrário, o clube será forçado a fechar no próximo ano devido à falta de membros. Enquanto isso, com a formatura iminente, também é hora dos veteranos decidirem seus planos para o futuro. Ao contrário de seu amigo Rin Matsuoka, o novo capitão do Clube de Natação da Academia Samezuka que está determinado a realizar seu sonho de se tornar nadador profissional, Haruka e Makoto não têm certeza sobre que carreira seguir. Problemas adicionais surgem quando um velho amigo de Rin, Sousuke Yamazaki, vem para a cidade para estudar na Academia Samezuka; a chegada do nadador recém-recrutado causa tensão na relação entre ele, Rin e Haruka.