Mais um belo verão se passa para Illyasviel von Einzbern. Após ter coletado os Cartões de Classe com sua melhor amiga, Miyu Edelfelt, ela tira um breve descanso de suas responsabilidades como garota mágica, aproveitando seu tempo livre.

No entanto, seu descanso é interrompido abruptamente quando Illya e Miyu são sequestradas por Rin Toosaka e Luviagelita Edelfelt, enquanto estavam com seus amigos. As garotas mágicas descobrem que seu trabalho está longe de acabar, pois o Instituto do Relógio informa que a mana incontrolável, que se pensava estar selada, está se dispersando por toda a cidade de Fuyuki. Após irem até o ponto de origem da mana incontrolável, Illya e Miyu são encarregadas de resolver a anomalia.

No entanto, depois de lançarem seu feitiço, Illyasviel descobre que se dividiu em duas pessoas! Enquanto sua nova forma misteriosa se move rapidamente, ela só pode se perguntar: o que será da existência de sua sósia, correndo desenfreada pela cidade?