Depois de cinco anos abrigando sentimentos não expressos, Taiju Ooki, estudante do ensino médio, finalmente está pronto para confessar seu amor a Yuzuriha Ogawa. No entanto, quando Taiju começa sua confissão, uma luz verde ofuscante atinge a Terra e petrifica a humanidade em todo o mundo, transformando cada ser humano em pedra.

Vários milênios depois, Taiju desperta para descobrir que o mundo moderno não existe mais, pois a natureza floresceu nos anos em que a humanidade ficou parada. Entre um mundo de estátuas de pedra, Taiju encontra outro ser humano vivo: seu amigo amante da ciência, Senkuu, que está ativo há alguns meses. Taiju descobre que Senkuu desenvolveu um grande esquema - lançar a completa revitalização da civilização com a ciência. A força de Taiju e o intelecto de Senkuu se combinam para formar uma parceria formidável, e eles logo descobrem um método para transformar em pó aqueles que foram petrificados.

No entanto, o plano mestre de Senkuu é ameaçado quando suas ideologias são desafiadas pelos recém-despertados. Enquanto isso, a razão da petrificação da humanidade permanece desconhecida.