Em futuro próximo, a realidade aumentada se torna parte essencial da vida diária. Yuuko ""Yasako"" Okonogi, uma delicada estudante de ensino médio, e sua família acabam de se mudar para a cidade de Daikoku, apesar dos rumores de pessoas desaparecendo. Lá, sua avó, apelidada de ""Mega-baa"", administra a loja Megasia, especializada em ferramentas ilegais que interagem com partes do mundo virtual.

Mega-baa também é responsável por uma agência de detetives não oficial chamada ""Coil"", formada por crianças da idade de Yasako, que encontram e lidam com a corrupção no mundo virtual. Yasako se junta ao grupo quando Fumie Hashimoto, uma brincalhona membro do Coil, ajuda a resgatar seu cibercão Densuke, que ficou preso no espaço virtual ao perseguir um vírus misterioso. Além disso, investigando essas corrupções e vírus está uma hacker abrasiva chamada Yuuko Amasawa, que os outros chamam de Isako.

Será que o Coil pode descobrir a verdade por trás dos vírus e corrupções misteriosas, e se sim, a que custo?