""O Pastor,"" uma lenda urbana da Academia Shiomi, é dito aparecer diante de estudantes trabalhadores para conceder-lhes um desejo.

Enquanto estava absorto em um livro dentro da renomada Grande Biblioteca da escola, Kyoutarou Kakei, um estudante do segundo ano e presidente de facto do Clube da Biblioteca, recebe um e-mail do Pastor prenunciando um evento que mudará seu destino. Preocupado com a mensagem, Kyoutarou corre até uma estação de trem próxima e encontra a colega Tsugumi Shirasaki, a quem ele salva de ser atingida por um trem descarrilado. Grata por sua atitude heroica, Tsugumi se junta ao Clube da Biblioteca e convida Kyoutarou para participar do seu misterioso ""Projeto Feliz de Shiomi"". Juntos, com outros novos membros do clube, eles se esforçam para tornar a academia um lugar melhor e descobrir a identidade do enigmático Pastor.