Juna Ariyoshi é uma escolar japonesa comum, que possui uma curiosidade infantil e uma forte admiração pela natureza. Um dia, durante uma viagem com seu namorado, Tokio Oshima, Juna morre em um acidente de moto. No entanto, ela recebe uma chance de viver por um indivíduo chamado Chris Hawken. Ele oferece a ela poderes que a tornam a avatar do tempo; em troca, ela deve lutar para proteger a Terra das forças do mal chamadas raaja, que surgem da poluição tóxica que os seres humanos causaram.

Ela logo descobre que isso não é uma tarefa fácil. Enquanto tenta dominar seus novos poderes, ela também deve buscar respostas para profundas questões sobre como a ciência e a tecnologia removeram as conexões primais e instintivas dos humanos com a natureza. Com a ajuda de Chris, sua assistente Cindy Klein e uma poderosa organização internacional chamada SEED, cabe a Juna superar seus medos e encontrar uma maneira de impedir que os raaja destruam tudo e todos que ela se preocupa.