Captain Tsubasa é a emocionante história de um estudante do ensino fundamental cujos pensamentos e sonhos giram quase que completamente em torno do amor pelo futebol. Tsubasa Oozora, de 11 anos, começou a jogar futebol muito jovem, e enquanto para seus amigos era principalmente um esporte recreativo, para ele se desenvolveu em uma verdadeira obsessão.

Para perseguir seus sonhos com todas as suas habilidades do ensino fundamental, Tsubasa se muda com sua mãe para a cidade de Nankatsu, que é conhecida por suas excelentes equipes de futebol de escola primária. Mas, embora ele fosse facilmente o melhor em sua cidade antiga, Nankatsu tem muito mais competição, e ele precisará de toda a sua habilidade e talento para se destacar nessa nova multidão.

Ele encontra não apenas rivais, mas também novos amigos como a bela Sanae Nakazawa e o talentoso goleiro Genzo Wakabayashi, que compartilha a mesma paixão que Tsubasa e se mostrará um amigo estimado para ajudá-lo a alcançar seus sonhos. Representar o Japão na Copa do Mundo da FIFA é o sonho máximo de Tsubasa, mas será necessário muito mais do que talento para alcançá-lo.