Depois de passar com sucesso em seu exame de Licença Provisória de Herói, Izuku ""Deku"" Midoriya procura um estágio extracurricular com uma agência de heróis profissionais. Por recomendação de seu mentor All Might, Midoriya consegue um cargo sob a tutela de Sir Nighteye, ex-parceiro de All Might e agora um herói famoso por direito próprio.

Enquanto os colegas de classe de Midoriya aprimoram suas próprias habilidades por meio de vários estágios, o vilão em ascensão Kai Chisaki utiliza seus terríveis poderes para angariar favores no submundo do crime. Conhecido pelo apelido de Overhaul, as ambições de Chisaki colidem com a Liga dos Vilões e seu líder, Tomura Shigaraki.

Através de seu trabalho com Sir Nighteye, Midoriya descobre o sindicato do crime de Chisaki e o relacionamento hostil do vilão com uma jovem misteriosa chamada Eri. Temendo pela segurança da criança, Midoriya e seu colega Mirio Toogata devem trabalhar juntos para pôr fim ao reinado do terror de Chisaki.