Com a chegada do verão para os alunos da UA Academy, cada um desses super-heróis em treinamento dá o seu melhor para se tornar um renomado herói. Eles partem para um acampamento de treinamento na floresta liderado pelos heróis profissionais da UA, onde os alunos enfrentam uns aos outros em batalhas e passam por testes perigosos, melhorando suas habilidades e ultrapassando seus limites. No entanto, a viagem escolar deles é repentinamente virada de cabeça para baixo quando a Liga dos Vilões chega, invadindo o acampamento com uma missão para capturar um dos alunos.

Boku no Hero Academia 3ª Temporada segue Izuku ""Deku"" Midoriya, um aluno ambicioso em treinamento para alcançar seu sonho de se tornar um herói semelhante ao seu modelo - All Might. Sendo um dos alunos envolvidos no caos do ataque dos vilões, Deku deve tomar uma posição com seus colegas de classe e lutar por sua sobrevivência.