No primeiro dia do ensino médio, Mato Kuroi se depara com Yomi Takanashi, uma garota tímida e reclusa pela qual imediatamente se interessa. Mato faz o possível para conversar com Yomi, querendo se tornar amiga dela. A princípio, ela é evitada, mas o gelo se quebra quando Yomi nota um passarinho azul decorativo preso ao telefone de Mato, que é do livro ""Brincando com Passarinhos"". Ao descobrir que têm um interesse em comum, as duas formam uma forte amizade.

Num universo alternativo, as jovens existem como seres paralelos, Mato como Black★Rock Shooter e Yomi como Dead Master. De alguma forma, o que acontece em um mundo parece ter um efeito no outro, e sem saber desse fato, as meninas se envolvem inconscientemente pelos fios do destino.