Há dois anos, o mundo foi salvo por Dan Bashin e os outros portadores da luz dos núcleos. Tendo arriscado sua vida na luta de Grand Rolo, Dan não encontra mais paixão na rotina das batalhas diárias de cartas. Quando ele deseja lutar contra oponentes mais fortes, Mai Shinomiya se aproxima. Ela oferece levá-lo ao futuro, o palco de um novo conflito onde a força de Dan é necessária.

Os dois chegam ao ano de 2650, onde a civilização foi arrasada pela luta pelo poder entre a humanidade e uma raça sobrenatural conhecida como ""Mazoku"". Enquanto a humanidade começa a se desintegrar sob o domínio dos Mazoku, os portadores da luz endurecidos estão destinados a cruzar caminhos mais uma vez. Armados com novos cartões do futuro, Dan e os outros guerreiros devem mais uma vez carregar o destino da humanidade em seus ombros.