Quando uma criatura misteriosa alterar a lua permanentemente, os alunos da escola Kunugigaoka se veem obrigados a enfrente a criatura antes que a terra também venha ser alterada. No entanto, o monstro, apelidado de Koro-sensei (o professor indestrutível), é capaz de voar a velocidades de até Mach 20, o que ele demonstra livremente, deixando qualquer tentativa de subjugá-lo em sua poeira extraterrestre. Além disso, os desajustados do 3-E logo descobrem que a estranha besta com tentáculos é mais do que apenas indomável - ele é o melhor professor que já tiveram!