A descoberta de uma hiperporta na Lua permitiu que a raça humana teleportasse para Marte. Aqueles que optaram por estabelecer-se conseguiram escavar uma tecnologia muito mais avançada do que a do seu planeta natal, que eles chamaram de ""Aldnoah"". Esta descoberta levou à fundação do Império de Vers em Marte e a uma declaração de guerra contra os ""Terranos"", aqueles que ficaram na Terra. No entanto, uma batalha na lua - mais tarde chamada de ""Queda dos céus"" - causou a explosão da hiperporto, destruindo a lua e levando os dois planetas a estabelecer um cessar-fogo incerto. No entanto, a paz era frágil. Quinze anos depois, o estudante do ensino médio Inaho Kaizuka testemunhou o assassinato planejado da princesa Asseylum Vers Allusia do Império de Vers, que havia vindo à Terra na esperança de reparar a relação entre o império e sua terra natal. O cessar-fogo foi quebrado e os marcianos declararam guerra aos Terranos novamente. Diante deste inimigo insuperável, Inaho e seus amigos devem agora lutar contra o Império de Vers para encerrar a guerra de uma vez por todas.